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Les Fonds autochtones pour les espèces en péril (FAEP) ont été créé en 2004-2005 à titre de volet important de la mise en œuvre de la Loi sur les espèces en péril (LEP). La protection des espèces en péril au Canada est tributaire d'un engagement efficace des peuples et des organismes autochtones pour la mise en œuvre de programmes relevant de la Loi sur les espèces en péril. La Loi reconnaît le rôle des peuples autochtones en matière de conservation des espèces sauvages et exige que le savoir traditionnel autochtone soit pris en considération au moment des évaluations des espèces en péril et de l'élaboration et l'application de mesures de protection et de rétablissement. Les Fonds autochtones pour les espèces en péril englobent deux fonds : le Fonds autochtone de développement des capacités (FADC) et le Fonds autochtone de protection de l'habitat essentiel (FAPHE).

Le FADC est conçu pour aider les organismes et les communautés autochtones du Canada à développer des capacités leur permettant de participer activement à la conservation et au rétablissement des espèces protégées en vertu de la LEP et des espèces en péril désignées par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC). Le FADC donne les moyens aux organismes et aux communautés autochtones d'acquérir, d'améliorer et d'utiliser des connaissances et des compétences leur permettant de participer activement à l'application de la Loi sur les espèces en péril. Le développement des capacités englobe l'acquisition de compétences (éducation, formation, apprentissage), l'obtention d'outils (systèmes ou mécanismes) et la gestion de l'information (données).

Le FAPHE a pour objectif la protection et le rétablissement de l'habitat essentiel d'espèces en péril se trouvant sur des terres autochtones. La préséance est accordée aux espèces protégées en vertu de la LEP (espèces de l'annexe 1) et, ensuite, aux espèces en péril désignées par le COSEPAC (en voie de disparition ou menacées). L'habitat essentiel est défini dans la Loi sur les espèces en péril comme l'habitat nécessaire à la survie ou au rétablissement d'une espèce sauvage inscrite, qui est désigné comme tel dans un programme de rétablissement ou un plan d'action élaboré à l'intention de l'espèce.

Le Fonds aide les organismes et les communautés autochtones d'envergure régionale ou locale à protéger l'habitat essentiel ou un habitat important que l'on prévoit être désigné essentiel en vertu de la LEP. Le Fonds est orienté par des programmes de rétablissement et des plans d'action, à mesure que ceux-ci sont élaborés, et par la nécessité de protéger l'habitat essentiel conformément à la Loi sur les espèces en péril. Il peut aussi appuyer diverses activités connexes à la définition, à la protection et au rétablissement d'espèces en péril et de leur habitat.